Cách 1: Lập tờ khai lệ phí môn bài trên HTTK và nộp qua website: https://thuedientu.gdt.gov.vn/
Bước 1: Đăng nhập vào phần mềm HTTK bằng mã số thuế của DN
Chọn “Phí – Lệ phí” ⇒ Chọn “Tờ khai lệ phí môn bài (01/MBAI)” ⇒ Chọn kỳ tính thuế và tờ khai lần đầu (hoặc bổ sung) ⇒ Chọn “Đồng ý”
Điền thông tin của DN theo như trên giấy phép kinh doanh và mức lệ phí môn bài tương ứng với vốn điều lệ vào tờ khai (Nếu trường hợp sau ngày 30/06 thì chọn mức đóng cả năm là ½ số tiền tương ứng) ⇒ Bấm “Ghi” ⇒ Bấm “Kết xuất” ⇒ Bấm “Kết xuất XML” và lưu lại
Bước 2: Đăng nhập vào website: https://thuedientu.gdt.gov.vn/ và tiến hành nộp tờ khai XML
Cách 2: Lập tờ khai lệ phí môn bài trực tiếp qua website: https://thuedientu.gdt.gov.vn/
Bước 1: Đăng nhập vào website: https://thuedientu.gdt.gov.vn/ với cầu trúc tên tài khoản: MST-QL
Chọn “Khai thuế” ⇒ Chọn “Kê khai trực tuyến” ⇒ Chọn tờ khai “01/MBAI–Tờ khai lệ phí môn bài (NĐ139/2016) ⇒ Chọn “Tiếp tục” ⇒ Tiến hành kê khai trên tờ khai
Điền thông tin và vốn điều lệ của DN theo như trên giấy phép kinh doanh mức ⇒ Mức lệ phí môn bài sẽ tự động nhảy mức đóng tương ứng với vốn điều lệ (Nếu trường hợp sau ngày 30/06 thì chỉnh lại mức đóng cả năm là ½ số tiền tương ứng) ⇒ Hoàn thành kê khai